وأسندت النيابة إلى الرئيس الأسبق محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية.